火山圖(Volcano plot)
接下來,你要建立一張火山圖,用來視覺化白血病研究中的差異表現幅度。圖中 y 軸顯示差異表現的對數勝算(log odds),x 軸顯示對數摺積變化(log fold change)。
本練習屬於課程
使用 R 中的 limma 進行差異表達分析
練習說明
第 2 章白血病研究的擬合模型物件 fit2 已載入到你的工作環境。limma 套件也已經載入。
繪製一張火山圖,並標示前 5 個基因。
將資料框
fit2$genes中symbol欄位傳入引數names,以基因符號標記前 5 個基因。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。
# Create a volcano plot. Highlight the top 5 genes
___(fit2, highlight = ___, names = ___)