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檢查變異來源

接下來你需要使用主成分分析來檢查資料中的變異來源。樣本是否依其基因型(WT 與 Top2b 缺失)及處理方式(PBS 與 Dox)而聚類?

本練習屬於課程

使用 R 中的 limma 進行差異表達分析

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練習說明

已在你的工作空間載入含有 doxorubicin 資料的 ExpressionSet 物件 eset。limma 套件也已載入。

  • 使用 plotMDS 繪製主成分,並以基因型為樣本標籤。

  • 重新視覺化主成分,這次以處理方式為樣本標籤。

動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

# Plot principal components labeled by genotype
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")

# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")
編輯並執行程式碼