檢查變異來源
接下來你需要使用主成分分析來檢查資料中的變異來源。樣本是否依其基因型(WT 與 Top2b 缺失)及處理方式(PBS 與 Dox)而聚類?
本練習屬於課程
使用 R 中的 limma 進行差異表達分析
練習說明
已在你的工作空間載入含有 doxorubicin 資料的 ExpressionSet 物件 eset。limma 套件也已載入。
使用
plotMDS繪製主成分,並以基因型為樣本標籤。重新視覺化主成分,這次以處理方式為樣本標籤。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。
# Plot principal components labeled by genotype
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")