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篩選基因

現在資料已做對數轉換並經分位數正規化,你需要移除在本研究系統中不相關、表現量很低的基因。

本練習屬於課程

使用 R 中的 limma 進行差異表達分析

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練習說明

工作空間已載入包含 Populus 資料且已正規化的 ExpressionSet 物件 eset_norm

  • 使用 plotDensities 視覺化每個樣本的基因表現量分佈。關閉圖例。

  • 使用 rowMeans 判斷哪些基因的平均表現量大於 5。將這個邏輯向量命名為 keep

  • 使用邏輯向量 keep 篩選 ExpressionSet 物件的基因(也就是列),並再次視覺化。

動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

library(limma)

# Create new ExpressionSet to store filtered data
eset <- eset_norm

# View the normalized gene expression levels
___(eset, legend = ___); abline(v = 5)

# Determine the genes with mean expression level greater than 5
keep <- ___(exprs(eset)) > ___
sum(keep)

# Filter the genes
eset <- eset[___]
___(eset, legend = ___)
編輯並執行程式碼