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Top2b 的盒狀圖

接下來做一次基本檢查:為 Top2b 的表現量製作盒狀圖,確認基因剔除(null)的老鼠其 Top2b 表現量較低。

回想一下,你在第 1 章的練習 4 也做過類似的盒狀圖。

本練習屬於課程

使用 R 中的 limma 進行差異表達分析

檢視課程

練習說明

已在你的工作空間載入含有 doxorubicin 資料的 ExpressionSet 物件 eset

  • 透過在特徵資料欄位 "symbol" 中搜尋 "Top2b",找到包含 Top2b 資料的那一列。

  • 使用公式語法建立盒狀圖。表現量應該放在 ~ 的左側,基因型變數放在右側。

  • 將該筆特徵資料框的列傳給 main,作為圖表標題。

動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

# Find the row which contains Top2b expression data
top2b <- which(___(eset)[___] == "Top2b")

# Plot Top2b expression versus genotype
boxplot(___(eset)[top2b, ] ~ ___(eset)[___],
        main = ___(eset)[top2b, ])
編輯並執行程式碼