Top2b 的盒狀圖
接下來做一次基本檢查:為 Top2b 的表現量製作盒狀圖,確認基因剔除(null)的老鼠其 Top2b 表現量較低。
回想一下,你在第 1 章的練習 4 也做過類似的盒狀圖。
本練習屬於課程
使用 R 中的 limma 進行差異表達分析
練習說明
已在你的工作空間載入含有 doxorubicin 資料的 ExpressionSet 物件 eset。
透過在特徵資料欄位
"symbol"中搜尋"Top2b",找到包含 Top2b 資料的那一列。使用公式語法建立盒狀圖。表現量應該放在
~的左側,基因型變數放在右側。將該筆特徵資料框的列傳給
main,作為圖表標題。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。
# Find the row which contains Top2b expression data
top2b <- which(___(eset)[___] == "Top2b")
# Plot Top2b expression versus genotype
boxplot(___(eset)[top2b, ] ~ ___(eset)[___],
main = ___(eset)[top2b, ])