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正規化

原始的基因表現資料通常相當雜亂,特別是因為許多基因與你正在研究的系統無關。拿到新的資料集後,第一步是先將資料視覺化,並執行必要的前處理步驟。

本練習屬於課程

使用 R 中的 limma 進行差異表達分析

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練習說明

工作空間中已載入包含 Populus 原始資料的 ExpressionSet 物件 eset_rawraw)。

  • 使用 plotDensities 視覺化每個樣本的基因表現分佈。關閉圖例。

  • 將量測值做對數轉換後,再次視覺化。

  • 使用 normalizeBetweenArrays 進行分位數正規化(quantile normalization),並再次視覺化。

動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

library(limma)

# Create new ExpressionSet to store normalized data
eset_norm <- eset_raw

# View the distribution of the raw data
___(eset_norm, legend = ___)

# Log tranform
exprs(eset_norm) <- ___(exprs(eset_norm))
___(eset_norm, legend = ___)

# Quantile normalize
exprs(eset_norm) <- ___(exprs(eset_norm))
___(eset_norm, legend = ___)
編輯並執行程式碼