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使用 ExpressionSet 物件繪製盒狀圖

現在你已經把所有實驗資料整合到同一個 ExpressionSet 物件中,篩選特徵與樣本會更方便。這個練習中,你會再次為單一基因建立盒狀圖來視覺化分佈,不過這次也要同時篩選要納入圖中的樣本。

本練習屬於課程

使用 R 中的 limma 進行差異表達分析

檢視課程

練習說明

工作空間中已載入 ExpressionSet eset

  • eset 篩選為只包含前 10 個樣本(欄)。

  • 使用存取函式 exprspDatafData,在 eset_sub 中為第 1000 個基因(也就是第 1000 列)建立盒狀圖。

動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

# Subset to only include the first 10 samples (columns)
eset_sub <- eset[___]

# Check the dimensions of the subset
dim(eset_sub)

# Create a boxplot of the 1000th gene in eset_sub
boxplot(___(eset_sub)[___, ] ~ ___(eset_sub)[, "Disease"],
        main = ___(eset_sub)[___, "symbol"])
編輯並執行程式碼