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檢定 2 個族群之間的差異表現

現在你已經有一個 ExpressionSet 物件與設計矩陣,可以使用 limma 來配適並檢定你的模型。

本練習屬於課程

使用 R 中的 limma 進行差異表達分析

檢視課程

練習說明

含白血病資料的 ExpressionSet 物件 eset,以及你剛建立的設計矩陣(design)都已載入到你的工作空間。

  • 使用 lmFit 配適模型係數。

  • 使用 eBayes 計算 t 統計量。

  • 使用 decideTests 摘要整理結果。

  • 由於檢定截距項沒有意義,執行 decideTests 時請指定係數 "Diseasestable"

動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)

# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)
編輯並執行程式碼