檢定 2 個族群之間的差異表現
現在你已經有一個 ExpressionSet 物件與設計矩陣,可以使用 limma 來配適並檢定你的模型。
本練習屬於課程
使用 R 中的 limma 進行差異表達分析
練習說明
含白血病資料的 ExpressionSet 物件 eset,以及你剛建立的設計矩陣(design)都已載入到你的工作空間。
使用
lmFit配適模型係數。使用
eBayes計算 t 統計量。使用
decideTests摘要整理結果。由於檢定截距項沒有意義,執行
decideTests時請指定係數"Diseasestable"。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)
# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)