KEGG 途徑
為了幫助解讀差異表現的結果，一個常見做法是針對已知基因集合進行富集測試。KEGG 資料庫收錄了經過整理的基因集合，這些基因已知會在同一生物途徑中互相作用。 在白血病研究中，那些差異表現基因過度代表了哪些 KEGG 途徑？
本練習屬於課程
使用 R 中的 limma 進行差異表達分析
練習說明
第 2 章白血病研究的擬合模型物件 fit2 已載入到你的工作區。limma 套件也已載入。
從資料框
fit2$genes提取 Entrez Gene ID。使用
kegga測試 KEGG 途徑的富集情形。將物種設定為"Hs"，代表 Homo sapiens。使用
topKEGG檢視前 20 個富集程度最高的 KEGG 途徑。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- fit2$genes[___]
# Test for enriched KEGG Pathways
enrich_kegg <- ___(fit2, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 20 enriched KEGG pathways
___(enrich_kegg)