途徑富集分析
為了更了解在 doxorubicin 研究中差異表現基因的影響，你將測試這些基因在 KEGG 資料庫整理的已知生物途徑中是否有富集。 在對比組合「dox_wt」與「interaction」中，哪些 KEGG 途徑在差異表現基因中顯著過度代表？
本練習屬於課程
使用 R 中的 limma 進行差異表達分析
練習說明
已將擬合後的模型物件 fit2 載入到你的工作區中。limma 套件也已載入。
從資料框
fit2$genes中擷取 Entrez 基因 ID。使用
kegga對對比"dox_wt"進行 KEGG 途徑富集檢定。物種請設定為 Mus musculus 的"Mm"。使用
topKEGG檢視前 5 個富集的 KEGG 途徑。針對對比
"interaction"重複上述途徑富集分析。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast dox_wt
enrich_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(enrich_dox_wt, number = 5)
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast interaction
enrich_interaction <- ___(fit2, coef = ___, geneid = ___, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(___, number = ___)