3 組別的設計矩陣
在低氧實驗中，幹細胞暴露於 3 種不同的氧氣濃度：1%、5% 和 21%。為了比較細胞在這 3 種環境下的功能，請使用「群組平均參數化」（group-means parametrization），指定一個線性模型，並為每個氧氣濃度各設一個迴歸係數。
本練習屬於課程
使用 R 中的 limma 進行差異表達分析
練習說明
已將含有低氧資料的 ExpressionSet 物件 eset 載入到你的工作空間。
- 使用
model.matrix建立一個沒有截距的設計矩陣。請記得，本研究的關注變數（3 種氧氣濃度）位於 phenotype 資料框的oxygen欄位。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)