為 2 個族群指定線性模型
為了找出本白血病實驗中的差異表現基因,你需要把下列線性模型轉換成 R 語法:
其中,\(X_{1}\) 對於進展型癌症為 1,對於穩定型癌症為 0(注意:R 會依字母順序自動選擇基準條件)。
本練習屬於課程
使用 R 中的 limma 進行差異表達分析
練習說明
含有白血病資料的 ExpressionSet 物件 eset 已載入至你的工作空間。
- 使用
model.matrix建立一個設計矩陣,包含截距係數,以及一個表示疾病狀態的係數。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。
# Create design matrix for leukemia study
design <- ___(~___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)