2x2 因子設計的對比矩陣
在 2x2 因子設計中可以建立許多對比。你需要檢驗在各種水分條件下，不同樹種之間的差異；每一種樹對乾旱的反應差異；以及兩種樹在乾旱反應上的差異（傳統上稱為交互作用效應）。
本練習屬於課程
使用 R 中的 limma 進行差異表達分析
練習說明
已在你的工作環境中載入含有 Populus 資料的 ExpressionSet 物件 eset，以及你剛建立的設計矩陣（design）。
建立
type_drought，用來在乾旱條件下檢驗樹種（NM6 與 DN34）的效果。建立
water_dn34，用來檢驗 DN34 樹在乾旱下的效應。建立一個交互作用項，檢驗兩種樹在乾旱反應上的差異（提示：對比
water_nm6與water_dn34）。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# Load package
library(limma)
# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(type_normal = nm6.normal - dn34.normal,
type_drought = ___ - ___,
water_nm6 = nm6.drought - nm6.normal,
water_dn34 = ___ - ___,
interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
levels = design)
# View the contrasts matrix
cm