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前處理特徵

在影片練習中,你看到 doxorubicin 研究的樣本分佈呈現非常明顯的右偏。因此,你需要先進行特徵的前處理:對數轉換、正規化,並進行篩選。

本練習屬於課程

使用 R 中的 limma 進行差異表達分析

檢視課程

練習說明

已在你的工作環境中載入含有「原始」資料的 ExpressionSet 物件 eset_raw。已載入 limma 套件。

  • 對量測值做對數轉換。使用 plotDensities 視覺化,並用基因型為樣本加上標籤。

  • 使用 normalizeBetweenArrays 進行分位數正規化,並再次視覺化。

  • 使用 rowMeans 判斷哪些基因的平均表現量大於 0。

  • 使用邏輯向量 keep 篩選基因(亦即列),並再次視覺化。

動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

# Create a new ExpressionSet to store the processed data
eset <- eset_raw
# Log transform
exprs(eset) <- ___(exprs(eset))
___(eset,  group = pData(eset)[___], legend = "topright")
# Quantile normalize
exprs(eset) <- ___(exprs(eset))
___(eset,  group = pData(eset)[___], legend = "topright")
# Determine the genes with mean expression level greater than 0
keep <- ___(exprs(eset)) > ___
sum(keep)
# Filter the genes
eset <- eset[___]
___(eset, group = pData(eset)[___], legend = "topright")
編輯並執行程式碼