開始使用免費開始

3 組的對比矩陣

要找出 3 種氧氣水平兩兩之間的差異表現基因,你需要定義 3 個成對對比。

本練習屬於課程

使用 R 中的 limma 進行差異表達分析

檢視課程

練習說明

含有缺氧資料的 ExpressionSet 物件 eset,以及你剛建立的設計矩陣(design)已載入至你的工作環境。

  • 使用 makeContrasts 定義 3 個成對對比。記得使用設計矩陣的欄名,且不要加上引號。

動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
                    ox21vox01 = ___ - ___,
                    ox21vox05 = ___ - ___,
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm
編輯並執行程式碼