3 組的對比矩陣
要找出 3 種氧氣水平兩兩之間的差異表現基因,你需要定義 3 個成對對比。
本練習屬於課程
使用 R 中的 limma 進行差異表達分析
練習說明
含有缺氧資料的 ExpressionSet 物件 eset,以及你剛建立的設計矩陣(design)已載入至你的工作環境。
- 使用
makeContrasts定義 3 個成對對比。記得使用設計矩陣的欄名,且不要加上引號。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。
# Load package
library(limma)
# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
ox21vox01 = ___ - ___,
ox21vox05 = ___ - ___,
levels = design)
# View the contrasts matrix
cm