火山圖
現在你要用火山圖(volcano plot)來視覺化每個對比的差異表現幅度。火山圖會在 y 軸顯示差異表現的對數勝算(log-odds),在 x 軸顯示對數摺幅(log fold change)。
本練習屬於課程
使用 R 中的 limma 進行差異表達分析
練習說明
已將擬合後的模型物件 fit2 載入到你的工作區中。limma 套件也已載入。
從資料框
fit2$genes取得基因符號(symbol)。建立火山圖,並在 3 個對比中各自標示前 5 名的基因。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。
# Extract the gene symbols
gene_symbols <- fit2$genes[___]
# Create a volcano plot for the contrast dox_wt
___(fit2, coef = ___, highlight = 5, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast dox_top2b
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast interaction
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = ___)