2x2 因子設計的設計矩陣
在這個 2x2 因子實驗中，我們要研究乾旱對樹木生長的影響：2 種不同的 Populus 樹種，各自搭配 2 種不同的澆水量。為了讓每個群組各有一個模型係數，你需要先把這兩個變數結合起來。
本練習屬於課程
使用 R 中的 limma 進行差異表達分析
練習說明
已在你的工作空間載入包含 Populus 資料的 ExpressionSet 物件 eset。
將變數
type（樹的種類）與water（正常 vs. 乾旱）結合成單一的因素變數。使用
model.matrix建立沒有截距的設計矩陣。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)