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在 2x2 因子設計中檢定差異表現

即使相比前面的範例有更多對比,使用 limma 進行差異表現檢定時,流程仍然相同。

本練習屬於課程

使用 R 中的 limma 進行差異表達分析

檢視課程

練習說明

已在你的工作環境中載入了含有 Populus 資料的 ExpressionSet 物件 eset、設計矩陣(design),以及對比矩陣(cm)。

  • 使用 lmFit 擬合模型係數。

  • 使用 contrasts.fit 套用對比並擬合。

  • 使用 eBayes 計算 t 統計量。

  • 使用 decideTests 彙整結果。

動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)
編輯並執行程式碼