在 2x2 因子設計中檢定差異表現
即使相比前面的範例有更多對比,使用 limma 進行差異表現檢定時,流程仍然相同。
本練習屬於課程
使用 R 中的 limma 進行差異表達分析
練習說明
已在你的工作環境中載入了含有 Populus 資料的 ExpressionSet 物件 eset、設計矩陣(design),以及對比矩陣(cm)。
使用
lmFit擬合模型係數。使用
contrasts.fit套用對比並擬合。使用
eBayes計算 t 統計量。使用
decideTests彙整結果。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)