以群組平均建立的對比矩陣
因為你採用群組平均(group-means)參數化,limma 流程中現在需要多做一步。此時各係數代表兩個樣本群組各自的平均表現量,所以你需要自訂一個對比,才能檢定進展型與穩定型白血病之間的差異。
本練習屬於課程
使用 R 中的 limma 進行差異表達分析
練習說明
已在你的工作空間中載入含白血病資料的 ExpressionSet 物件 eset,以及你剛建立的設計矩陣(design)。
使用
makeContrasts定義對比status,其為進展型與穩定型癌症之間平均表現量的差值。將設計矩陣
design傳入引數levels。這能讓design的欄名(對應到係數)用在對比的定義中。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。
# Load package
library(limma)
# Create a contrasts matrix
cm <- ___(status = ___ - ___,
levels = ___)
# View the contrasts matrix
cm