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以群組平均建立的對比矩陣

因為你採用群組平均(group-means)參數化,limma 流程中現在需要多做一步。此時各係數代表兩個樣本群組各自的平均表現量,所以你需要自訂一個對比,才能檢定進展型與穩定型白血病之間的差異。

本練習屬於課程

使用 R 中的 limma 進行差異表達分析

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練習說明

已在你的工作空間中載入含白血病資料的 ExpressionSet 物件 eset,以及你剛建立的設計矩陣(design)。

  • 使用 makeContrasts 定義對比 status,其為進展型與穩定型癌症之間平均表現量的差值。

  • 將設計矩陣 design 傳入引數 levels。這能讓 design 的欄名(對應到係數)用在對比的定義中。

動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- ___(status = ___ - ___,
                    levels = ___)

# View the contrasts matrix
cm
編輯並執行程式碼