檢定差異表現
現在你已經定義了設計矩陣和對比矩陣，可以在兩種小鼠中檢定因 doxorubicin 處理所造成的差異表現。
本練習屬於課程
使用 R 中的 limma 進行差異表達分析
練習說明
含有 doxorubicin 資料的 ExpressionSet 物件 eset、設計矩陣 design，以及對比矩陣 cm 已經載入到你的工作空間。limma 套件也已載入。
使用
lmFit配適（fit）模型係數。使用
contrasts.fit配適對比。使用
eBayes計算 t 統計量。使用
decideTests與vennDiagram彙總結果。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)
# Create a Venn diagram
___(results)