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建立 ExpressionSet 物件

在一個實驗中分別管理 3 個不同的資料集既費時又容易出錯,特別是當你需要進行篩選時。請把白血病實驗的 3 個資料集合併為一個統一的物件,使用 Bioconductor 的 ExpressionSet 類別。

本練習屬於課程

使用 R 中的 limma 進行差異表達分析

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練習說明

表現矩陣(x)、特徵資料(f)以及表型資料(p)都已載入到你的工作環境中。

  • 使用 ExpressionSet 函式建立一個新的 ExpressionSet 物件。

  • 將表現矩陣傳給 assayData 參數。

  • 將表型資料框傳給 phenoData 參數。

  • 將特徵資料框傳給 featureData 參數。

動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

# Load package
library(Biobase)

# Create ExpressionSet object
eset <- ___(assayData = ___,
                      phenoData = AnnotatedDataFrame(___),
                      featureData = AnnotatedDataFrame(___))

# View the number of features (rows) and samples (columns)
dim(eset)
編輯並執行程式碼