繪製箱型圖
用箱型圖視覺化第一個基因的表現量,並依「穩定型」與「進展型」白血病病患分組,來探索這個白血病資料集。
本練習屬於課程
使用 R 中的 limma 進行差異表達分析
練習說明
表現量矩陣(x)、特徵資料(f),以及表現型資料(p)都已載入到你的工作環境中。
將
x子集化為只包含第一個基因(亦即第 1 列),並把它放在公式中~的左側(y 軸)。將
p子集化為只包含"Disease"這一欄,並把它放在公式中~的右側(x 軸)。將
f子集化為只包含第一個基因(亦即第 1 列)與"symbol"這一欄。把這個結果作為繪圖標題的main參數。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。
# Create a boxplot of the first gene in the expression matrix
boxplot(___ ~ ___, main = ___)