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對比矩陣

若要檢驗 doxorubicin 對野生型與 Top2b 缺失小鼠心臟的影響(以及處理與基因型之間的交互作用),你需要對設計矩陣中的係數做對比。

本練習屬於課程

使用 R 中的 limma 進行差異表達分析

檢視課程

練習說明

已在你的工作空間載入包含 doxorubicin 資料的 ExpressionSet 物件 eset,以及設計矩陣 design。limma 套件也已載入。

  • 建立 dox_wt,用來檢驗 doxorubicin 在野生型小鼠中的效果。

  • 建立 dox_top2b,用來檢驗 doxorubicin 在 Top2b 缺失小鼠中的效果。

  • 建立一個交互作用項,檢驗兩種小鼠對 doxorubicin 反應是否不同(提示:對比 dox_top2bdox_wt)。

動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(dox_wt = ___ - ___,
                    dox_top2b = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm
編輯並執行程式碼