基因本體（Gene Ontology）類別
在上一個練習中，你已經測試了生物途徑的富集情形。現在你要測試一組已知會影響相同生物過程的基因集合，也就是所謂的基因本體（GO）類別。 在白血病研究的差異表現基因中，哪些 GO 類別被過度代表（over-represented）？
本練習屬於課程
使用 R 中的 limma 進行差異表達分析
練習說明
第 2 章白血病研究的已配適模型物件 fit2 已載入到你的工作空間。limma 套件也已載入。
從資料框
fit2$genes擷取 Entrez 基因 ID。使用
goana測試富集的 GO 類別。將物種設定為 Homo sapiens 的"Hs"。使用
topGO檢視前 20 個富集度最高的 GO 類別。將參數ontology設為"BP"，以回傳 Biological Processes。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched GO categories
enrich_go <- ___(fit2[1:500, ], geneid = ___, species = ___)
# View the top 20 enriched GO Biological Processes
___(enrich_go, ontology = ___)