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  3. Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq
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演習

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chipenrich パッケージは、偶然よりも高頻度に ChIP-seq ピークと関連づけられる遺伝子群を特定するための chipenrich() 関数を提供します。そのためには、遺伝子をどのようにグループ化するかを決めることが重要です。この演習では、Broad Institute で定義された Hallmark genesets を対象にします。

通常は、2 つのサンプル群を分ける分子プロセスを強調するため、差次的に結合しているピークに解析を絞り込みます。今回扱うデータはサンプル数が少ないため、治療抵抗性腫瘍サンプルでシグナルが強いピークに絞って確認します。

指示

100 XP
  • 治療抵抗性サンプルで一次腫瘍サンプルより強い強度を持つすべてのピークを選択します。
  • エンリッチメント解析を実行します。
  • 解析結果を出力（印刷）します。