リードのフィルタリング

この演習では、アラインメントの品質が低いリードを除去して、データをさらにクリーンアップします。そのためには、BAM ファイルからアラインメントのクオリティを読み込む必要があります。これらは mapq フィールドに保存されています。

各リードにアラインメントのクオリティ情報を付与して reads を読み込みます。
クオリティが少なくとも 20 のすべてのアラインメントを特定します。
高品質・低品質のグループ間でアラインメントクオリティの分布を比較するボックスプロットを作成します。
すべての低品質アラインメントを除去します。