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  3. Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq
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연습 문제

ピークのアノテーション

前の演習では、すべてのサンプルから得られたマージ済みピークコールの表（peaks_merged）と、遺伝子アノテーションの表（human_genes）を作成しました。ここでは、ChIPpeakAnno パッケージが提供する annoPeaks() 関数を使って、これら2つの表の情報を統合します。遺伝子の開始点に十分近いピーク（bindingRegion 引数で判定）ごとに、この関数は該当する遺伝子に関する詳細情報をデータフレームで返します。これには、ピークが遺伝子に対してどこに位置するかを示す insideFeature 列が含まれます。

지침

100 XP
  • 最も近い遺伝子でピークにアノテーションを付けます。
  • 遺伝子にアノテーションされたピークの数を求めます。
  • ピークが遺伝子に対してどこに位置していたかを示すサマリー表を作成します。