ピークのアノテーション
前の演習では、すべてのサンプルから得られたマージ済みピークコールの表（peaks_merged）と、遺伝子アノテーションの表（human_genes）を作成しました。ここでは、ChIPpeakAnno パッケージが提供する annoPeaks() 関数を使って、これら2つの表の情報を統合します。遺伝子の開始点に十分近いピーク（bindingRegion 引数で判定）ごとに、この関数は該当する遺伝子に関する詳細情報をデータフレームで返します。これには、ピークが遺伝子に対してどこに位置するかを示す insideFeature 列が含まれます。
この演習はコースの一部です
Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq
演習の手順
- 最も近い遺伝子でピークにアノテーションを付けます。
- 遺伝子にアノテーションされたピークの数を求めます。
- ピークが遺伝子に対してどこに位置していたかを示すサマリー表を作成します。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Annotate peaks with closest gene
peak_anno <- ___(peaks_merged, human_genes, bindingType="startSite", bindingRegion=c(-5000,5000))
# How many peaks were found close to genes?
length(___)
# Where are peaks located relative to genes?
table(peak_anno$___)