領域を詳細にプロットする
この演習では、Gviz を使ってゲノム領域をプロットします。使用するデータは、単一サンプルの染色体20からのものです。染色体20のイデオグラムはすでに作成済みで、ideogram として利用できます。マッピング済みリードはすでにカバレッジデータに変換されており、cover_ranges という GRanges オブジェクトとして利用できます。プロットする領域のピークコールは、peak_calls オブジェクトに格納されています。
この演習で必要なデータやRパッケージの読み込みに少し時間がかかる場合があります。しばらくお待ちください。
この演習はコースの一部です
Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq
演習の手順
- ピークコール用のアノテーション・トラックを作成します。
- リードカバレッジ用のデータ・トラックを作成します。
- プロットを表示します。上から順に、イデオグラム、カバレッジ・トラック、ピークコールのトラック、ゲノム座標の軸が表示されるようにします。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Create annotation track
peak_track <- AnnotationTrack(___, name="Peaks")
# Create data track
cover_track <- ___(cover_ranges, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Produce plot
___(list(ideogram, ___, ___, GenomeAxisTrack()), chromosome="chr20", from=start_pos, to=end_pos)