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  3. Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq
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अभ्यास

領域を詳細にプロットする

この演習では、Gviz を使ってゲノム領域をプロットします。使用するデータは、単一サンプルの染色体20からのものです。染色体20のイデオグラムはすでに作成済みで、ideogram として利用できます。マッピング済みリードはすでにカバレッジデータに変換されており、cover_ranges という GRanges オブジェクトとして利用できます。プロットする領域のピークコールは、peak_calls オブジェクトに格納されています。

この演習で必要なデータやRパッケージの読み込みに少し時間がかかる場合があります。しばらくお待ちください。

निर्देश

100 XP
  • ピークコール用のアノテーション・トラックを作成します。
  • リードカバレッジ用のデータ・トラックを作成します。
  • プロットを表示します。上から順に、イデオグラム、カバレッジ・トラック、ピークコールのトラック、ゲノム座標の軸が表示されるようにします。