カバレッジの計算
ここでは、平均フラグメント長までリードを延長して、より良いカバレッジ推定を行います。リードを延長すると、フラグメントの両端から得られたリードを1つのカバレッジピークにまとめられるため、バックグラウンドノイズとの区別がしやすくなります。
この演習で使用するサンプル GSM1598218 の BAM ファイルは、すでに読み込まれています。このサンプルの平均フラグメント長は 183 bp です。リードは reads_gr という GRanges オブジェクトとして利用できます。
この演習で必要なデータや R パッケージの読み込みに少し時間がかかる場合があります。しばらくお待ちください。
この演習はコースの一部です
Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq
演習の手順
- リードを平均フラグメント長まで延長します。
- フラグメントのカバレッジを計算します。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Extend reads to the average fragment length of 183 bp
reads_ext <- ___(reads_gr, width=___)
# Compute coverage
cover <- ___(___)