カバレッジの計算

ここでは、平均フラグメント長までリードを延長して、より良いカバレッジ推定を行います。リードを延長すると、フラグメントの両端から得られたリードを1つのカバレッジピークにまとめられるため、バックグラウンドノイズとの区別がしやすくなります。この演習で使用するサンプル GSM1598218 の BAM ファイルは、すでに読み込まれています。このサンプルの平均フラグメント長は 183 bp です。リードは reads_gr という GRanges オブジェクトとして利用できます。

この演習で必要なデータや R パッケージの読み込みに少し時間がかかる場合があります。しばらくお待ちください。