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  3. Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq
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演習

タンパク質結合の差を可視化する

PCAプロットとデンドログラムの両方から、原発腫瘍と治療抵抗性腫瘍のサンプルがそれぞれ1つのクラスターを形成していることがわかります。 これは有望な結果ですが、具体的にどのような違いがあるのかはほとんど分かりません。この演習では、サンプル間でピーク強度を比較するヒートマップを作成します。 これにより、サンプル群を区別するタンパク質結合のパターンを強調できます。

サンプル間で統合されたピーク集合は peaks として利用できます。これからピークのヒートマップを作成するには、データセットに含まれるピーク数を把握する必要があります。マージ済みピーク集合の詳細は、peaks の merged エントリにあります。

指示

100 XP
  • peaks オブジェクトを表示します。
  • マージされたピークの座標を取得します。
  • データに含まれるピーク数を抽出します。
  • dba.plotHeatmap 関数を使ってヒートマップを作成します。