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  3. Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq
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演習

アノテーションを使う

この演習では、TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene パッケージから取得した遺伝子座標を使います。このパッケージは、既知のヒト遺伝子すべての座標を提供します。染色体20上の遺伝子について、座標と一意のIDを持つ GRanges オブジェクトが human_genes として読み込まれています。

これらのIDは遺伝子の識別には便利ですが、直感的にはわかりにくいことがあります。より人間が読みやすい遺伝子シンボルを併記すると便利です。これは、異なる遺伝子識別子間の対応を提供する org.Hs.eg.db パッケージを使って実現できます。select() 関数を使うと、各IDに対して、SYMBOL 列に格納された遺伝子シンボルを取得できます。この情報を取り出したら、遺伝子の位置情報の表に追加しましょう。

指示

100 XP
  • org.Hs.eg.db の SYMBOL 列から遺伝子シンボルを取得します。
  • 返ってきたアノテーションの構造を確認します。
  • 取得した遺伝子シンボルを human_genes に追加します。
  • 結果を確認します。