アノテーションを使う
この演習では、TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene パッケージから取得した遺伝子座標を使います。このパッケージは、既知のヒト遺伝子すべての座標を提供します。染色体20上の遺伝子について、座標と一意のIDを持つ GRanges オブジェクトが human_genes として読み込まれています。
これらのIDは遺伝子の識別には便利ですが、直感的にはわかりにくいことがあります。より人間が読みやすい遺伝子シンボルを併記すると便利です。これは、異なる遺伝子識別子間の対応を提供する org.Hs.eg.db パッケージを使って実現できます。select() 関数を使うと、各IDに対して、SYMBOL 列に格納された遺伝子シンボルを取得できます。この情報を取り出したら、遺伝子の位置情報の表に追加しましょう。
この演習はコースの一部です
Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq
演習の手順
- org.Hs.eg.db の
SYMBOL列から遺伝子シンボルを取得します。 - 返ってきたアノテーションの構造を確認します。
- 取得した遺伝子シンボルを
human_genesに追加します。 - 結果を確認します。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Obtain gene symbols
gene_symbol <- ___(org.Hs.eg.db, keys=human_genes$gene_id, columns="SYMBOL", keytype="ENTREZID")
# Examine the structure of the returned annotations
str(___)
# Add gene symbols to gene coordinates
human_genes$symbol <- ___
# Examine output
print(human_genes)