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  5. Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq

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Exercise

パスウェイを詳しく見てみましょう

この演習では、エンリッチメント解析で同定されたパスウェイへリンクし、ChIP-seq のピークがある遺伝子をハイライト表示する URL を作成します。これにより、遺伝子(正確にはそれらがコードするタンパク質)が互いに、そして他のタンパク質とどのように相互作用するかを俯瞰できます。経験を重ねると、研究内のグループ間差を説明しうる潜在的なメカニズムを素早く示唆できるようになります。

これらの URL の一般的な形式は次のとおりです: https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>

エンリッチメント解析で得られたトップのパスウェイを表示し、ピークに関連する遺伝子をハイライトするための URL を作成しましょう。先ほど作成したオブジェクト top_path と genes はワークスペースで利用可能です。

Instructions

100 XP
  • URL にパスウェイIDを追加します。
  • パスウェイ内でピークに関連した遺伝子のIDを '+' で区切って1つの文字列にまとめます。
  • 作成した遺伝子選択文字列を URL に追加します。