パスウェイを詳しく見てみましょう
この演習では、エンリッチメント解析で同定されたパスウェイへリンクし、ChIP-seq のピークがある遺伝子をハイライト表示する URL を作成します。これにより、遺伝子（正確にはそれらがコードするタンパク質）が互いに、そして他のタンパク質とどのように相互作用するかを俯瞰できます。経験を重ねると、研究内のグループ間差を説明しうる潜在的なメカニズムを素早く示唆できるようになります。
これらの URL の一般的な形式は次のとおりです: https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>
エンリッチメント解析で得られたトップのパスウェイを表示し、ピークに関連する遺伝子をハイライトするための URL を作成しましょう。先ほど作成したオブジェクト top_path と genes はワークスペースで利用可能です。
この演習はコースの一部です
Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq
演習の手順
- URL にパスウェイIDを追加します。
- パスウェイ内でピークに関連した遺伝子のIDを
'+'で区切って1つの文字列にまとめます。 - 作成した遺伝子選択文字列を URL に追加します。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# This is the base URL for all KEGG pathways
base_url <- "https://www.kegg.jp/pathway/"
# Add pathway ID to URL
path_url <- paste0(base_url, ___)
# Collapse gene IDs into selection string
gene_select <- paste(___, collapse="+")
# Add gene IDs to URL
path_url <- paste(___, ___, sep="+")