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MAプロット

MAプロットは、平均シグナル強度に対する2つのグループ間の差を可視化します。これはデータ中の潜在的なバイアスを評価するのに役立ちます。通常、ほとんどのピーク強度は条件間で変化しないと想定されます。つまり、プロット上の点は変化なしに対応する0の水平線の周辺に集まるはずです。MAプロットは、グループ間の差の大きさを素早く直感的に把握するのにも有用です。

先ほど使用した描画関数と同様に、DiffBind には DBA オブジェクトから必要な情報をすべて取り出して MA プロットを作成できる dba.plotMA() 関数があります。

この演習はコースの一部です

Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq

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演習の手順

  • dba.plotMA() 関数を使って MA プロットを作成してください。
  • プロットを確認し、有意な差がどのように強調表示されているかに注目しましょう。

実践的なインタラクティブ演習

このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。

# Create an MA plot
___(ar_diff)
コードを編集して実行