タンパク質結合の差を要約する
このレッスンで最後に確認する差次的結合ピークのプロットは、ボックスプロットです。各サンプルにおけるピーク強度の分布を要約するのに適した図です。目的のために DiffBind には dba.plotBox() 関数が用意されています。ボックスプロットは、各グループの中央値の位置と、その周囲のデータのばらつきを強調します。DiffBind が生成するプロットは、2 つのグループ（原発腫瘍と治療抵抗性腫瘍）に加えて、差次的結合ピークからなるサブグループも比較します。さらに、プロットの作成に加えて、dba.plotBox() はこれらのグループ間のペアごとの比較に対する p 値も返します。
これまでと同様に、差次的結合解析の結果は ar_diff として利用できます。
この演習はコースの一部です
Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq
演習の手順
- ピーク強度のボックスプロットを作成します。
- 返された p 値を確認します。どのピークセット間に有意な差がありますか？
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Create a box plot of the peak intensities
compare_groups <- ___(ar_diff, notch=FALSE)
# Inspect the returned p-values
print(___)