モデルの設定
グループ間の実際の比較を実行する前に、サンプルがどのようにグループ分けされるかを DiffBind に伝える必要があります。これを行う最も簡単な方法は、DiffBind がサンプルに付与する定義済みカテゴリのいずれかを使うことです。これには、各サンプルに関連する condition や tissue のような、よく使われる関心グループが含まれます。どれを使うかは、DBA_CONDITION や DBA_TISSUE のような定数を categories 引数で指定します。利用可能な定数の完全な一覧は、dba.contrast() のヘルプページにあります。
この演習はコースの一部です
Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq
演習の手順
ar_bindingオブジェクトを確認します。- Primary Tumor（primary）と Treatment Resistant（TURP）の condition に対応するカテゴリを特定します。
- 2つの腫瘍タイプを比較するためのコントラストを設定します。
- コントラストが追加されたことを確認するため、
dba_peaksオブジェクトを確認します。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Examine the ar_binding object
print(___)
# Identify the category corresponding to the tumor type contrast
contrast <- DBA____
# Establish the contrast to compare the two tumor types
dba_peaks <- dba.___(ar_binding, ___=contrast, minMembers=2)
# Examine the dba_peaks object to confirm that the contrast has been added
___(___)