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演習

モデルの設定

グループ間の実際の比較を実行する前に、サンプルがどのようにグループ分けされるかを DiffBind に伝える必要があります。これを行う最も簡単な方法は、DiffBind がサンプルに付与する定義済みカテゴリのいずれかを使うことです。これには、各サンプルに関連する condition や tissue のような、よく使われる関心グループが含まれます。どれを使うかは、DBA_CONDITION や DBA_TISSUE のような定数を categories 引数で指定します。利用可能な定数の完全な一覧は、dba.contrast() のヘルプページにあります。

指示

100 XP
  • ar_binding オブジェクトを確認します。
  • Primary Tumor（primary）と Treatment Resistant（TURP）の condition に対応するカテゴリを特定します。
  • 2つの腫瘍タイプを比較するためのコントラストを設定します。
  • コントラストが追加されたことを確認するため、dba_peaks オブジェクトを確認します。