BAMファイルを読み込む
まずは、マッピング済みリードをBAMファイルからRに読み込みます。BAMファイルは、リード配列と参照ゲノムのアラインメント情報を圧縮バイナリ形式で保存しています。ゲノムデータを解析する際には、BAMファイルからのデータ読み込みはよく行う作業です。
この演習では、最初にbamファイルからすべてのリードを読み込みます。手順自体は簡単ですが、多くのメモリを必要とする場合があります。そこで後半では、関心領域のリードだけを読み込む方法を学びます。
この演習はコースの一部です
Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq
演習の手順
readGAlignments()関数を使って、chr20_bam ファイルからリードを読み込みます。- 染色体20の 29805000 〜 29820000 の領域をカバーする、chr20_bam 用の
BamViewsオブジェクトを作成します。 - そのビュー内のリードのみを読み込むために、再度
readGAlignments()を使います。 str()を使ってreads_subオブジェクトを確認します。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Load reads form chr20_bam file
reads <- ___(chr20_bam)
# Create a `BamViews` object for the range 29805000 - 29820000 on chromosome 20
bam_views <- ___(___, bamRanges=GRanges("chr20", IRanges(start=29805000, end=29820000)))
# Load only the reads in that view
reads_sub <- ___(___)
# Inspect the `reads_sub` object
___(reads_sub)