ピークとバックグラウンドの比較
ここでは、ピーク、ブラックリスト領域、バックグラウンドのカバレッジ分布を比較します。この演習では、染色体5のデータを確認します。
この染色体に対するピーク、ブラックリスト領域、バックグラウンドのビン化されたリード数は、それぞれ peak_bins、bl_bins、bkg_bins として利用できます。score 列にはリード数が入っています。
この演習で必要なデータとRパッケージの読み込みに少し時間がかかる場合があります。しばらくお待ちください。
この演習はコースの一部です
Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq
演習の手順
- 可視化用に、リード数をデータフレームに整理して準備します。
rbind()を使って3つのデータフレームを結合します。- ビンの種類ごとにリード数の箱ひげ図を作成します。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Prepare read counts for plotting by organising them in data frames
peak_scores <- data.frame(source="peaks", fragments=___$score)
bl_scores <- data.frame(source="blacklist", fragments=___)
bkg_scores <- data.frame(source="background", fragments=___)
scores <- rbind(___, ___, ___)
# Create a boxplot of the read counts by bin type
ggplot(___, aes(y=fragments, x=source)) + geom_boxplot()