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  3. Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq
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演習

ピークコール

リードはゲノム全体に散らばっていますが、目的のタンパク質が結合している領域には多くのリードが重なり、カバレッジのピークが現れます。これらのピークは、通常、そのゲノム座標と、このピークで観測されたシグナルの強さを示すスコアとともに記録されます。

ピークコールの集合が、あらかじめ R に読み込まれています。ピークコールは peaks という名前の GenomicRanges オブジェクトに格納されています。GenomicRanges オブジェクトの内容にアクセスするための一般的な関数に加えて、ピークコール用の便利な関数が2つ用意されています。ピークが存在する染色体は chrom 関数で、スコアは score 関数で取得できます。

指示

100 XP
  • peaks のサマリーを表示します。
  • 最もスコアが高いピークのインデックスを、score() 関数を使って求めます。
  • 最もスコアが高いピークのゲノム座標を、chrom() と ranges() 関数を使って抽出します。