ピークコール
リードはゲノム全体に散らばっていますが、目的のタンパク質が結合している領域には多くのリードが重なり、カバレッジのピークが現れます。これらのピークは、通常、そのゲノム座標と、このピークで観測されたシグナルの強さを示すスコアとともに記録されます。
ピークコールの集合が、あらかじめ R に読み込まれています。ピークコールは peaks という名前の GenomicRanges オブジェクトに格納されています。GenomicRanges オブジェクトの内容にアクセスするための一般的な関数に加えて、ピークコール用の便利な関数が2つ用意されています。ピークが存在する染色体は chrom 関数で、スコアは score 関数で取得できます。
この演習はコースの一部です
Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq
演習の手順
peaksのサマリーを表示します。- 最もスコアが高いピークのインデックスを、
score()関数を使って求めます。 - 最もスコアが高いピークのゲノム座標を、
chrom()とranges()関数を使って抽出します。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Print a summary of the 'peaks' object
print(___)
# Use the score function to find the index of the highest scoring peak
max_idx <- which.max(___(peaks))
# Extract the genomic coordinates of the highest scoring peak using the `chrom` and `ranges` functions
max_peak_chrom <- ___(peaks)[___]
max_peak_range <- ___