1. Học hỏi
  2. /
  3. Khoa Học
  4. /
  5. Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq

Connected

Bài tập

どのピークが異なっていますか?

サンプル間で、ピークコールの観点からどれくらい違いがあるかを見てみましょう。これまで扱ってきたマージ済みピークを用いると、異なるサンプル間で共有されているピークはいくつありますか?

この問いに答えるための1つの可視化がベン図です。ベン図は DBA オブジェクトから dba.plotVenn() 関数で直接作成できます。別案として、UpSetR パッケージで作成できる UpSet プロットもあります。これはベン図の楕円をバーの系列に置き換え、さまざまな部分集合の大きさを示します。upset() 関数では、各集合(=サンプル)に対応する列を持ち、各ピークの集合への所属を示すデータフレームを渡す必要があります。必要なデータは、ar_diff オブジェクトの called フィールドに含まれています。

Hướng dẫn 1/2

undefined XP
    1
    2
  • ar_diff オブジェクトからベン図を作成します。