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どのピークが異なっていますか?

サンプル間で、ピークコールの観点からどれくらい違いがあるかを見てみましょう。これまで扱ってきたマージ済みピークを用いると、異なるサンプル間で共有されているピークはいくつありますか?

この問いに答えるための1つの可視化がベン図です。ベン図は DBA オブジェクトから dba.plotVenn() 関数で直接作成できます。別案として、UpSetR パッケージで作成できる UpSet プロットもあります。これはベン図の楕円をバーの系列に置き換え、さまざまな部分集合の大きさを示します。upset() 関数では、各集合(=サンプル)に対応する列を持ち、各ピークの集合への所属を示すデータフレームを渡す必要があります。必要なデータは、ar_diff オブジェクトの called フィールドに含まれています。

この演習はコースの一部です

Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq

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実践的なインタラクティブ演習

このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。

# Create Venn diagram
___(ar_diff, mask=1:4)
コードを編集して実行