PCA とヒートマップをもう一度
サンプル間の主な違いを特定できたので、サンプルを比較する別のプロットを作成しましょう。以前に見たものと非常によく似ていますが、今回は差次的に結合しているピークのみを使用します。これによりプロット内のノイズが減り、違いが強調されます。DiffBind の描画関数には、どの比較を使ってプロット用のピークを選ぶかを指定できる contrast 引数があります。この演習では、元のプロットと、ノイズを取り除いたプロットを見比べます。
この演習はコースの一部です
Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Create a PCA plot using all peaks
___(ar_diff, DBA_CONDITION)