モデルを当てはめる
これで差次的結合解析を実行する準備ができました。これは、2つの腫瘍タイプ間でどのピークの強度が有意に異なるかを明らかにします。グループ間で異なるピークがわかれば、そうした差を生み出す基盤となるメカニズムを解明するための後続解析の土台になります。ここでは、差次的に結合しているピークを見つけていきます。DiffBind の dba.analyze() 関数を使うと実行できます。前の演習では、腫瘍タイプ間を比較するためのコントラストを設定しました。コントラストを含むオブジェクトを使えば、あとは dba.analyze() を呼ぶだけで残りの処理が行えます。
この演習はコースの一部です
Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq
演習の手順
ar_bindingオブジェクトを確認し、必要なコントラストが含まれていることを確かめてください。- 差次的結合解析を実行してください。
- 結果を確認してください。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Examine the `ar_binding` object to confirm that it contains the required contrast
print(___)
# Run the differential binding analysis
ar_diff <- ___(ar_binding)
# Examine the result
print(___)