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  3. Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq
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연습 문제

ピークと遺伝子の対応付け

ピーク、遺伝子、その機能の関係をさらに詳しく探る準備がほぼ整いました。まずは、ピークの位置が遺伝子とどのように関係するかを詳しく見ていきましょう。chipenrich パッケージには、この目的に役立つプロット関数が用意されています。peaks オブジェクトには、これまでに使用したピークの座標が含まれています。plot_dist_to_tss() 関数は、ピーク位置と遺伝子の転写開始点（TSS）との距離分布をプロットできます。

plot_chipenrich_spline() 関数を使うと、遺伝子長に対するピークの頻度を評価できます。観測された頻度に加え、Fisherの正確確率検定、二項モデル、そして chipenrich() 関数が用いるモデルに基づく期待分布もあわせて描画します。

지침 1/2

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    2
  • ピークと転写開始点（TSS）の距離分布をプロットしましょう。