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  3. Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq
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演習

ブラックリスト領域の除去

ブラックリスト領域にあるピークを特定して取り除くことは、後続の解析に向けてデータを整えるうえで重要なステップです。この演習では、ChIPQC パッケージに含まれるブラックリストを使用します。これは ENCODE から直接入手することもできます。

この演習では、ピークコールは peaks、カバレッジデータは cover、ブラックリスト領域は blacklist.hg19 に用意されています。ここでは findOverlaps() 関数が役立ちます。重複（オーバーラップ）領域の概念は、入門の Bioconductor コースで扱いましたし、この章の後半でも再度取り上げます。

演習に必要なデータと R パッケージの読み込みに少し時間がかかる場合があります。しばらくお待ちください。

指示

100 XP
  • ピークとブラックリスト領域のすべてのオーバーラップを見つけます。
  • Gviz を使って、リードカバレッジ、ピークコール、ブラックリスト領域をプロットします。
  • ブラックリストに該当するピークをすべて削除します。