ブラックリスト領域の除去
ブラックリスト領域にあるピークを特定して取り除くことは、後続の解析に向けてデータを整えるうえで重要なステップです。この演習では、ChIPQC パッケージに含まれるブラックリストを使用します。これは ENCODE から直接入手することもできます。
この演習では、ピークコールは peaks、カバレッジデータは cover、ブラックリスト領域は blacklist.hg19 に用意されています。ここでは findOverlaps() 関数が役立ちます。重複（オーバーラップ）領域の概念は、入門の Bioconductor コースで扱いましたし、この章の後半でも再度取り上げます。
演習に必要なデータと R パッケージの読み込みに少し時間がかかる場合があります。しばらくお待ちください。
この演習はコースの一部です
Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq
演習の手順
- ピークとブラックリスト領域のすべてのオーバーラップを見つけます。
- Gviz を使って、リードカバレッジ、ピークコール、ブラックリスト領域をプロットします。
- ブラックリストに該当するピークをすべて削除します。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Find all overlaps between peaks and blacklisted regions
blacklisted <- ___(peaks, blacklist.hg19, type="within")
# Create a plot to display read coverage together with peak calls and blacklisted regions in the selected region
cover_track <- ___(cover, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Calculate peak_track and region_track, plot plotTracks
peak_track <- ___(peaks, name="Peaks", fill="orange")
region_track <- ___(region, name="Blacklist")
plotTracks(list(ideogram, cover_track, peak_track, region_track, GenomeAxisTrack()),
chromosome="chr21", from=start(region)-1000, to=end(region)+1000)
# Remove all blacklisted peaks
clean_peaks <- ___[-from(blacklisted)]