BED ファイルを読み込む
この演習では、BED ファイルからピークコールを読み込み、ピークの位置情報を使って、BAM ファイルからピークと重なるリードを抽出します。
この演習はコースの一部です
Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq
演習の手順
import.bed関数を使って、chr20_peaks からピークコールを読み込みます。- これらのピークコールを使って、chr20_bam の
BamViewsオブジェクトを作成します。 - ピークコールと重なるリードを読み込みます。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Load peak calls from chr20_peaks
peaks <- ___(chr20_peaks)
# Create a BamViews object
bam_views <- ___(___, bamRanges=peaks)
# Load the reads
reads <- ___(___)