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  3. Rで学ぶBioconductorによるChIP-seq
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演習

ピークの統合

ピークコールへのアノテーション方法を探る前に、すべてのサンプルのコールを取り込んだマージ済みピークセットを取得する方法を確認しておきましょう。パッケージ ChIPpeakAnno には、そのための関数 findOverlapsOfPeaks() が用意されています。これは、最大5サンプルまでの GenomicRanges で表現されたピークセットをマージできます。

この関数を使う前に、先に作成した ChIPQCexperiment オブジェクトからピークコール情報を抽出する必要があります。ピークの位置は peaks() 関数で取得できます。これは、QC を通過しなかったものも含め、すべてのサンプルのピークコールを返す点に注意してください。QC の段階で今後の解析対象として選択したサンプルのインデックスを含むベクターは qc_pass として利用できます。

指示

100 XP
  • ChIPQCexperiment オブジェクトからピークを抽出します。
  • QC に不合格のサンプルをすべて除外します。
  • findOverlapsOfPeaks() 関数でピークセット間のオーバーラップを探索します。
  • mergedPeaks エントリとして利用できるマージ済みピークセットを確認します。