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演習

サンプルのクラスタリング

サンプル間の類似性を調べる別の方法として、階層的クラスタリングがあります。これは2段階のプロセスです。まず、ピークの（正規化済みカバレッジ）に基づいて、dist()関数でサンプル間の距離を計算します。次に、これらのペアワイズ距離を使って、hclust()で似たサンプル同士をグループ化します。これにより、サンプル間の階層的な関係を表すデンドログラムが得られます。 適切に正規化されたカバレッジデータを含む行列は、Rオブジェクトcoverとして利用できます。

指示

100 XP
  • dist()を使ってサンプル間のペアワイズ距離を計算します。
  • hclust()を使って距離行列からデンドログラムを作成します。
  • デンドログラムをプロットします。