पीक कॉल्स
रीड्स पूरे जीनोम में बिखरी होती हैं, लेकिन जिस प्रोटीन में आपकी रुचि है उसके द्वारा बाउंड की गई लोकेशंस पर कई ओवरलैपिंग रीड्स इकट्ठा हो जाती हैं, जिससे कवरेज में पीक्स बनते हैं। आम तौर पर इन पीक्स को उनके जीनोमिक कोऑर्डिनेट्स के साथ रिकॉर्ड किया जाता है, साथ ही एक स्कोर भी रखा जाता है जो इस पीक के लिए देखे गए सिग्नल की स्ट्रेंथ दर्शाता है।
आपके लिए R में पीक कॉल्स का एक सेट लोड किया गया है। ये पीक कॉल्स peaks नाम के GenomicRanges ऑब्जेक्ट में स्टोर हैं। GenomicRanges ऑब्जेक्ट्स की सामग्री एक्सेस करने वाले सामान्य फंक्शंस के अलावा, पीक कॉल्स के लिए दो सुविधाजनक फंक्शंस उपलब्ध हैं। आप chrom फंक्शन का उपयोग करके वह क्रोमोसोम पा सकते हैं जिस पर पीक स्थित है, और score फंक्शन से उसका स्कोर प्राप्त कर सकते हैं।
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में Bioconductor के साथ ChIP-seq
अभ्यास निर्देश
peaksका एक सारांश प्रिंट करें।- सबसे अधिक स्कोर वाले पीक का इंडेक्स खोजने के लिए
score()फंक्शन का उपयोग करें। - सबसे अधिक स्कोर वाले पीक के जीनोमिक कोऑर्डिनेट्स निकालने के लिए
chrom()औरranges()फंक्शंस का उपयोग करें।
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Print a summary of the 'peaks' object
print(___)
# Use the score function to find the index of the highest scoring peak
max_idx <- which.max(___(peaks))
# Extract the genomic coordinates of the highest scoring peak using the `chrom` and `ranges` functions
max_peak_chrom <- ___(peaks)[___]
max_peak_range <- ___