Pathways पर नज़दीकी नज़र
इस अभ्यास में, आप एक ऐसा URL बनाएँगे जो enrichment analysis से पहचाने गए किसी pathway से लिंक करता है और उन genes को हाइलाइट करता है जिनमें ChIP-seq peaks हैं. इससे आप यह देख पाएँगे कि ये genes—या सही कहें, वे जिन प्रोटीन्स का निर्माण करते हैं—एक-दूसरे और अन्य प्रोटीन्स के साथ कैसे इंटरैक्ट करते हैं. थोड़े अनुभव के साथ, यह जल्दी ही ऐसे संभावित मैकेनिज़्म सुझा सकता है जो अध्ययन में समूहों के बीच दिख रहे अंतर समझा सकें.
इन URLs का सामान्य फ़ॉर्मेट है: https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>
आप enrichment analysis से मिले टॉप pathway को दिखाने के लिए आवश्यक URL बनाएँगे, जिसमें peaks से जुड़े genes हाइलाइट हों. आपने पहले जो top_path और genes ऑब्जेक्ट बनाए थे, वे workspace में उपलब्ध हैं.
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में Bioconductor के साथ ChIP-seq
अभ्यास निर्देश
- URL में pathway ID जोड़ें.
- उन genes के IDs, जो peaks से जुड़े हैं और pathway में आते हैं, को
'+'से अलग करते हुए एक सिंगल स्ट्रिंग में समेटें. - URL में gene selection स्ट्रिंग जोड़ें.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# This is the base URL for all KEGG pathways
base_url <- "https://www.kegg.jp/pathway/"
# Add pathway ID to URL
path_url <- paste0(base_url, ___)
# Collapse gene IDs into selection string
gene_select <- paste(___, collapse="+")
# Add gene IDs to URL
path_url <- paste(___, ___, sep="+")