Read Counts लोड करना
जैसा आपने वीडियो में देखा, differential binding को test करने से पहले आपको consensus peak calls का एक set बनाना होता है। इसे आप निम्न R कोड से कर सकते हैं:
ar_counts <- dba.count(ar_peaks, summits=200)
निम्न कथनों पर विचार करें।
ar_countsमें सभी samples के read counts एक ही set of peak calls के लिए होंगे।- कुछ read counts 0 हो सकते हैं।
ar_countsमें सभी peaks 200 bp चौड़े हैं।ar_countsमें सभी peaks 400 bp चौड़े हैं।
इनमें से कौन-से कथन सही हैं?
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में Bioconductor के साथ ChIP-seq
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
हमारे इंटरैक्टिव अभ्यासों में से किसी एक के साथ सिद्धांत को व्यवहार में बदलें
अभ्यास शुरू करें