Annotations का उपयोग
इस अभ्यास में, आप gene coordinates का उपयोग करेंगे जो TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene पैकेज से लिए गए हैं. यह पैकेज सभी ज्ञात मानव genes के coordinates देता है. क्रोमोसोम 20 पर genes के coordinates और एक यूनिक ID के साथ एक GRanges ऑब्जेक्ट आपके लिए human_genes नाम से लोड किया गया है.
हालाँकि ये IDs genes की पहचान करने में उपयोगी हैं, इन्हें समझना आसान नहीं है. साथ में अधिक human-readable gene symbols जोड़ना फायदेमंद हो सकता है. यह org.Hs.eg.db पैकेज की मदद से किया जा सकता है, जो अलग-अलग gene identifiers के बीच mappings प्रदान करता है. select() फंक्शन आपको हर ID के लिए gene symbol दिलाता है, जो SYMBOL कॉलम में संग्रहीत होता है. यह जानकारी निकाल लेने के बाद, आप इसे gene locations की टेबल में जोड़ सकते हैं.
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में Bioconductor के साथ ChIP-seq
अभ्यास निर्देश
- org.Hs.eg.db के
SYMBOLकॉलम से gene symbols प्राप्त करें. - लौटे हुए annotations की संरचना जाँचें.
human_genesमें gene symbols जोड़ें.- परिणाम जाँचें.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Obtain gene symbols
gene_symbol <- ___(org.Hs.eg.db, keys=human_genes$gene_id, columns="SYMBOL", keytype="ENTREZID")
# Examine the structure of the returned annotations
str(___)
# Add gene symbols to gene coordinates
human_genes$symbol <- ___
# Examine output
print(human_genes)