Coverage निकालना
अब आपकी बारी है कि आप बेहतर coverage आकलन पाने के लिए reads को औसत fragment length तक बढ़ाएँ. Reads को बढ़ाने से किसी fragment के दोनों सिरों से आए reads को एक ही coverage peak में जोड़ा जा सकता है, जिससे peaks को background noise से अलग पहचानने में मदद मिलती है.
इस अभ्यास के लिए आप जिस sample GSM1598218 का BAM फ़ाइल इस्तेमाल करेंगे, वह पहले से लोड है. इस sample की औसत fragment length 183 bp है. Reads एक GRanges ऑब्जेक्ट reads_gr के रूप में उपलब्ध हैं.
इस अभ्यास के लिए जरूरी सभी डेटा और R पैकेज लोड होने में थोड़ा समय लग सकता है. कृपया धैर्य रखें.
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में Bioconductor के साथ ChIP-seq
अभ्यास निर्देश
- Reads को औसत fragment length तक बढ़ाएँ.
- Fragment coverage निकालें.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Extend reads to the average fragment length of 183 bp
reads_ext <- ___(reads_gr, width=___)
# Compute coverage
cover <- ___(___)